II wojna światowa
1 września 1939 r. do Zakopanego wkroczyły bez walki wojska niemieckie i słowackie. Polityka niemieckiego okupanta na Podhalu różniła się od tej na terenie reszty Generalnej Guberni. Jak wszędzie panował terror, eksterminacja ludności żydowskiej, ale uliczne łapanki nie były tak częste, a zbiorowych egzekucji w centrum nie wykonywano. Specyficznym wyróżnikiem była tzw. akcja Goralenvolk – podbudowana ideologicznie próba wyodrębnienia narodowości góralskiej jako rzekomo niepolskiej. Naziści wykorzystali etnograficzną odrębność górali oraz wcześniejsze antagonizmy pomiędzy nimi a Zakopiańczykami innego pochodzenia. Część mieszkańców przyjęła dokumenty przynależności do narodu góralskiego. Niewielkiej grupce aktywnych działaczy kolaboracyjnego Komitetu Góralskiego przewodzili Wacław Krzeptowski i Józef Cukier.
Jednocześnie w 1940 r. powstał zakopiański obwód Związku Walki Zbrojnej. Na Podhalu działały też formacje ruchu oporu Armii Krajowej. Funkcjonowało tajne nauczanie do poziomu uniwersyteckiego włącznie. Na działalność konspiracyjną wpłynęło przyjęcie przez Zakopane dużej grupy uchodźców ze stolicy po upadku powstania warszawskiego. Podhale stało się centrum działalności kurierskiej – kurierami byli przeważnie przedwojenni przewodnicy i ratownicy tatrzańscy, taternicy i narciarze, którzy z narażeniem życia przenosili tajną pocztę, prasę, broń oraz przeprowadzali na Węgry emisariuszy i instruktorów wojskowych. Poprzez polskie placówki w Budapeszcie utrzymywano łączność z rządem emigracyjnym.
W 1940 r. na terenie Zakopanego i Tatr Niemcy utworzyli zamkniętą strefę – miał być to kurort dla niemieckich żołnierzy. Wstęp mieli tylko Niemcy i Słowacy z drugiej strony. Wygnano lub wymordowano zakopiańskich Żydów. Planowano wysiedlenie osób zameldowanych przed 1930 r., a także chorych na gruźlicę.
Ruch oporu nasilał się ze zbliżaniem końca wojny; z wyroku AK jeszcze przed wyzwoleniem powieszono góralskiego księcia – Wacława Krzeptowskiego, przy jego chałupie. W styczniu 1945 r. Niemcy opuścili miasto, a 29 stycznia 1945 r. rano wkroczyła armia czerwona – nocą zszedł z gór sowiecki oddział partyzancki dowodzony przez Włodzimierza Macniewa, pseudonim Potiomkin. On został pierwszym radzieckim komendantem Zakopanego.